Las aguas de Fitero han sido utilizadas con fines terapéuticos desde la época de los romanos, en el siglo II a.C.
Probablemente fueron los romanos quienes construyeron los baños primitivos. Hoy día encontramos vestigios del uso terapéutico de esta agua en época de César Augusto.
En 1157 las termas fueron donadas al Monasterio de Fitero por el Rey Sancho III de Castilla.
Los Baños fueron destruidos y saqueados en 1507. Se reconstruyeron rápidamente y fueron regentados por un matrimonio, D. Pedro Navarro y Dª Ana de San Juan.
En el balneario Virrey Palafox o Baño Viejo, el 24 de junio de 1600, nació D. Juan de Palafox y Mendoza, quien llegó a ser Virrey y capitán de la Nueva España, Arzobispo de México y Obispo de Burgo de Osma.
Durante la guerra de la Independencia, los frailes fueron expulsados y los baños se usaron por los heridos franceses aunque en 1814 regresaron. Con la Desamortización de Mendizábal, en 1835 los monjes abandonaron definitivamente el Monasterio el cual pasó a manos de D. Juan José Aréjula, vecino de Tudela.
En 1846, se descubrió la existencia de otro manantial termal en torno al cual se levantaron los Baños Nuevos, actualmente Balneario Gustavo Adolfo Bécquer, que recibe el nombre en honor al poeta sevillano, quien se trasladaba asiduamente al balneario para someterse a su cura termal. Durante sus estancias en Baños de Fitero compuso obras como “El Miserere” y “La cueva de la Mora”.
En 1909 las dos propiedades se unieron y la explotación de los dos balnearios quedó en manos de una sola sociedad, Baños de Fitero S.A. Gracias a las propiedades curativas de las aguas de nuestros manantiales, en 2009 se celebró el centenario de Baños de Fitero S.A., cumpliendo 100 años al servicio de la salud y el bienestar.